1 декабря 1973 года была принята и утверждена единая цветографическая схема для всех воздушных судов «Аэрофлота». Главным цветом был выбран синий. Нижняя часть фюзеляжа окрашивалась в серо-голубой цвет, остальная часть — в белый, в средней части ниже иллюминаторов — тонкая синяя полоса, а на уровне иллюминаторов — большая синяя полоса.

Для своего времени Ту-104 стал самым скоростным Отечественным пассажирским самолетом. Максимальная скорость превышала 900 км/ч, поэтому, например, перелет Москва — Иркутск с дозаправкой в Омске занимал рекордные по тем временам 7,5 часов.

На базе Ту-104 был разработан самолет для местных авиалиний Ту-124, имеющий турбовентиляторные двигатели, В свою очередь, на его базе был создан Ту-134; самолеты этого типа летают до сих пор.

С одной стороны, самолет был прорывным, с другой — имел недостатки, приведшие к серьезным катастрофам с человеческими жертвами. Ту-104 был сложным в управлении, а также, склонен к подхвату (самопроизвольное увеличение угла тангажа, приводившее к потере скорости) при попадании в мощные воздушные потоки. После известной катастрофы, произошедшей в октябре 1958 года, недостатки были выявлены, в конструкцию внесены необходимые изменения (поменяли угол установки неподвижного стабилизатора), и больше катастроф по причине подхвата не происходило. Об этой катастрофе недавно был снят фильм «Последние слова летчика Кузнецова».